Năm 1960 Bệnh viện đa khoa Phụ Dực được UBND tỉnh Thái Bình ra Quyết định đầu tư xây dựng và được lấy tên của huyện Phụ Dực lúc bấy giờ. Bệnh viện ra đời khi đất nước còn khó khăn, hai miền Nam - Bắc còn chia cắt, cuộc kháng chiến chống Mỹ đang thời kỳ ác liệt, mặc dù gặp phải nhiều khó khăn, thiếu thốn về mọi mặt nhưng việc xây dựng bệnh viện là niềm mơ ước của nhân dân trong huyện. Sau gần một năm xây dựng, một cơ sở khám chữa bệnh nằm trên địa bàn xã An Bài được hình thành với năm dãy nhà mái ngón tường vôi, nền lát gạch đỏ với khuôn viên trên 10.000 m2 được hoàn thiện và đưa vào sử dụng. Bệnh viện đi vào hoạt động với số cán bộ khoảng trên 30 người, trong đó duy nhất chỉ có 01 bác sỹ, còn lại là y sỹ, y tá và dược tá.
Tại thời điểm này, bác sỹ Nguyễn Văn Duyên quê quán Thái Thụy - Thái Bình giữ chức Quyền trưởng bệnh viện đến cuối năm 1962, sau đói chuyển công tác. Huyện ủy, UBND huyện Quỳnh Phụ điều bác sỹ Lê Công Giác sinh năm 1932 quê quán xã Quỳnh Hồng - Quỳnh Phụ là trưởng phòng y tế kiêm viện trưởng bệnh viện, số lượng cán bộ nhân viên bệnh viện khoảng hơn 40 người. Đến đầu năm 1969, huyện Phụ Dực sát nhập với huyện Quỳnh Côi thành huyện Quỳnh Phụ lúc này huyện Quỳnh Phụ đổi tên Bệnh viện Quỳnh Côi thành Bệnh viện I Quỳnh Phụ, Bệnh viện Phụ Dực thành Bệnh viện II Quỳnh Phụ. Tại thời điểm này bác sỹ Lê Công Giác được điều về Bệnh viện I Quỳnh Phụ, y sỹ Nguyễn Thị Song sinh năm 1930 quê quán An Bài - Quỳnh Phụ được Huyện ủy, UBND huyện giao nhiệm vị Bí thư - Quyền trưởng bệnh viện từ năm 1969 đến tháng 10/1970. Khó khăn chồng chất khó khăn, bệnh viện không có một bác sỹ, số lượng bệnh nhân ngày một tăng chủ yếu là do dịch bệnh, bom mìn, đói rét. Năm 1970, bác sỹ Bùi Thọ Phú sinh năm 1932 quê quán Đông Sơn - Đông Hưng nhận quyết định điều về làm viện trưởng bệnh viện. Trong thời gian này bệnh viện có nhiều biến động theo lịch sử đất nước. Sau cuộc chiến tranh leo thang bắn phá miền Bắc lần 1 thất bại, năm 1972 Mỹ lại bắn phá miền Bắc lần 2, bệnh viện II Quỳnh Phụ đã phải 3 lần sơ tán về trạm y tế xã An Dục, An Ninh, nhà thờ Lai Ổn, trạm y tế xã An Bài. Tháng 2/1974 bác sĩ Bùi Thọ Phú được điều về bệnh viện I Quỳnh Phụ, bác sĩ Nguyễn Thị Thọ về phụ trách bệnh viện II Quỳnh Phụ. Đến 11/1976 bác sĩ Thọ chuyển công tác, bác sĩ Nguyễn Văn Quang được giao giữ chức quyền viện trưởng. Tháng 3/1977 bác sĩ Quang chuyển công tác, bác sĩ Đỗ Tùng Lâm được điều về làm viện trưởng. Tháng 6/1986 bác sĩ Đỗ Tùng Lâm nghỉ hưu, bác sĩ Nguyễn Đình Đán được điều về làm Giám đốc. Tháng 3/1987 bác sĩ Nguyễn Đình Đán chuyển công tác, bác sĩ Nguyễn Văn Thọ được bổ nhiệm giữ chức Giám đốc bệnh viện II Quỳnh Phụ.
Năm 1994, thực hiện mô hình chung của ngành, Bệnh viện II Quỳnh Phụ đã giải thể để dồn vào thành lập Trung tâm y tế huyện Quỳnh Phụ, phân viện được hình thành trên cơ sở Bệnh viện II Quỳnh Phụ để duy trì chức năng chăm sóc bảo vệ sức khỏe cho nhân dân 16 xã khu An, được tổ chức gồm 32 cán bộ, biên chế thành 4 bộ phận: Phòng tổng hợp, phòng Khám bệnh - Cận lâm sàng, khoa Nội - Nhi - Lây - Cấp cứu, khoa Ngoại - Sản - 3 chuyên khoa.
Ngày 15/3/2007 UBND tỉnh Thái Bình ra Quyết định số 519/QĐ-UBND về việc thành lập Bệnh viện đa khoa Phụ Dực trực thuộc Sở Y tế Thái Bình trên cơ sở phân viện của Bệnh viện đa khoa Quỳnh Phụ với quy mô 70 giường bệnh thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của bệnh viện đa khoa hạng III.
Đến nay bệnh viện được giao 200 giường kế hoạch, 300 giường thực kê với 160 cán bộ. Tổ chức bộ máy gồm 01 giám đốc và 02 phó giám đốc với 15 khoa, phòng chuyên môn.
Hiện nay khuôn viên bệnh viện trên 18.240 m2 có trang bị máy chụp cắt lớp vi tính, Xquang số hóa, hệ thống xét nghiệm huyết học, hóa sinh tự động, máy siêu âm màu 4D, máy nội soi dạ dày, nội soi cổ tử cung, nội soi tai mũi họng, ghế răng, điện tim, máy thở, monitor theo dõi bệnh nhân, các thiết bị phục hồi chức năng… Hàng năm tiếp nhận khám trung bình cho gần 100.000 lượt và điều trị nội trú cho 12.000 người bệnh, không để xảy ra tai biến chuyên môn do thiếu tinh thần thái độ. Từ năm 2011 thành lập phòng quản lý, tư vấn, điều trị bệnh mãn tính với gần 600 người bệnh đái tháo đường và 300 người tăng huyết áp. Từ năm 2021 bệnh viện ký hợp đồng hỗ trợ chuyên môn với Bệnh viện Mắt Thái Bình, thứ 3 hàng tuần có bác sỹ chuyên khoa Mắt về khám, làm thủ thuật, phẫu thuật Mắt cho người bệnh. Bệnh viện đã thực hiện được hầu hết các danh mục trong phân tuyến kỹ thuật của bệnh viện hạng III, đã triển khai được một số kỹ thuật của bệnh viện hạng II như: Mổ đẻ lần 2, cắt tử cung bán phần…
Hoạt động của các tổ chức đoàn thể thường xuyên được quan tâm. Tổ công tác xã hội đã hoạt động có hiệu quả, quyên góp tiền, tổ chức nấu cháo dinh dưỡng miến phí, cung cấp xuất ăn từ thiện cho các bệnh nhân có hoàn cảnh khó khăn, bệnh nhân mắc bệnh hiểm nghèo.
Với sự đoàn kết, cùng nhau vượt qua khó khăn Bệnh viện đa khoa Phụ Dực đã được các cấp có thẩm quyền đánh giá bằng các danh hiệu: UBND tỉnh tặng bằng khen, đơn vị xếp thứ 3 trong các đơn vị y tế tuyến huyện. Nhiều cá nhân và tập thể được Bộ Y tế, UBND tỉnh, Sở Y tế Thái Bình tặng bằng khen và được nhân dân trong khu vực ghi nhận.